Biostatistik, bioinformatik och annat metodstöd i kliniska forskningsprojekt.

Inventering av behov och befintliga resurser samt en modell för strukturerat stöd via Clinicum.

Rapport från Clinicums projektgrupp, Karolinska Institutet, januari 2022.
Av Sandra Eloranta, docent, biostatistiker.

Rapportöversikt:

För att navigera till huvudrubrikerna, använd länkarna i menyn.

  • Sammanfattning
    - Analysstöd för medicinsk forskning behöver vara tvärvetenskapligt
    - Arbetsmarknad och utbredning av metodspecialister på KI
    - Framtidens krav på metodstöd i Clinicumnätverket
  • Föregångare för metodstöd i klinisk forskning internationellt och i Sverige
    - Blandad subventionsmodell för metodstöd
    - Subventionerat stöd som lots in i utbudet av forskarstödtjänster
    - Internt rekryterade specialister och studentsamarbeten 
    - Karriärmöjligheter och professionell utveckling för metodspecialister
    - Etablerande av nätverk för erfarenhetsutbyte
  • Framtidens krav på metodstöd i Clinicumnätverket
    - Befintligt metodstöd och ej tillgodosedda behov
    - Principer för metodstöd via Clinicum
    - En modell under utveckling
    - Ett nätverk av specialister
    - Övriga metodrelaterade aktiviteter 
  • Nästa steg - projektgruppens arbete under våren 2022
     
  • Appendix

Vill du ha rapporten mejlad till dig i pdf-format, kontakta clinicum@ki.se.

Sammanfattning

I maj 2021 bildades Clinicums projektgrupp med uppdrag att utreda förutsättningar, befintliga resurser och en möjlig modell för strukturerat metodologiskt forskarstöd, enklare åtkomst till hälsodata och främjandet av klinisk forskningssamverkan mellan KI och Region Stockholm. Den här rapporten beskriver arbetet med att kartlägga behov och befintliga strukturer för metodstöd på KI och hos vårdgivarna i Clinicumnätverket samt den modell för metodstöd som föreslås.

Projektgruppens arbete har inkluderat att:

  • Inventera det självskattade behovet av stöd i biostatistik, bioinformatik och datahantering.
  • hos kliniska forskare på KI och inom Regionen.
  • Inventera de viktigaste befintliga verksamheterna som idag tillhandahåller metodstöd på KI och hos de olika vårdgivarna.
  • Identifiera vilka behov hos kliniska forskare som idag saknar tillfredsställande lösningar.
  • Kartlägga liknande initiativ utomlands och i Sverige
  • Föreslå principer för strukturerat metodstöd i en framtida Clinicumorganisation baserad på behov och beprövad erfarenhet.

Resultaten från en enkät som besvarades av över 500 forskare visade ett stort behov av stöd som kan fyllas genom strategiska samarbeten men också i stor utsträckning genom konsultationer, handledning och utbildning och nyrekrytering. Resultatet av inventeringen av befintliga stödfunktioner visade att den kompetens som huvudsakligen efterfrågas till viss del redan finns utspridd i verksamheterna Tillgängligheten på stöd i noderna varierar dock och för vissa identifierade avancerade metodologiska frågeställningar saknas det helt. En kartläggning av initiativ i omvärlden (Harvard University, Mayo Clinic, Köpenhamns universitet, Michigan Institute for Clinical and Health Research och Sahlgrenska akademin, Göteborgs universitet) visade på ett antal välfungerande vägledande principer för metodstöd vid medicinska fakulteter.

Den föreslagna modellen går ut på att komplettera det befintliga analysstödet i core-faciliteter och andra verksamheter med ett virtuellt organiserat nätverk av metodspecialister som kan tillhandahålla rådgivning för projekt i tidig fas, eller konsultation av annan typ som är tydligt avgränsad (exempelvis granskning av abstract, manuskript, hjälp med referentkommentarer etc). De subventionerade konsultationerna planeras även att fungera som en lots in i befintliga metodstödsverksamheter för de forskare som behöver utökat stöd exempelvis med analyser. Intresse för att delta i sådan verksamhet är utbredd bland metodspecialister på KI. Detta stöd bör vara centralt finansierat för att sänka trösklarna för tillgång. Den föreslagna modellen är också skalbar när det gäller omfattning och specialistområden. Områden som kan tänkas ingå förutom biostatistik, bioinformatik och AI är rådgivning vid beställning av uttag av hälsodata eller praktisk datahantering. 

Nedan sammanfattas de inventerade behov som ligger till grund för den föreslagna modellen för metodstöd, samt projektgruppens planerade arbete för 2022 som syftar till att på sikt kunna lansera modellen inom ramen för organisationen Clinicum. I detta arbete kommer projektgruppen att utreda praktiska detaljer för hur modellen för metodstöd bör vidareutvecklas och utformas, inklusive budget och infrastruktur.

En slutrapport angående metodstöd, samt ett förslag för etablerandet av organisationen Clinicum är planerad till 2022.

Inventerade behov 2021

Konsultationsverksamheten

  • Stöd i biostatistik finns på Campus Solna, Flemingsberg, Södersjukhuset och Danderyds sjukhus, dock till olika subventionsgrad.
  • Stöd i bioinformatik finns via NBIS (SciLifelab) men även via CBB (för forskare i Huddinge).
  • Stöd i data management finns i begränsad omfattning via Biostatistics Core i Solna och via NBIS.
  • Stöd i AI/maskininlärning saknas.
  • Subventionerade tjänster för rådgivning som är tillgängliga oavsett organisationstillhörighet saknas.
  • Upphandling för externa statistiktjänster saknas.

Forskningsmiljöer

För kliniska forskare:

  • Forum för vetenskaplig diskussion, vidareutbildning inom statistik och stöd i handledning inom metodfrågor behöver utvecklas. 
  • Kännedom om befintliga metodaktiviteter och stödfunktioner kan förbättras.

För metodexperter:

  • På flera håll arbetar metodexperter ofta ensamma eller i små grupper och utan större sammanhang kopplat till den egna disciplinen vilket är negativt ur rekrytering och retentionssynpunkt.
  • Tydliga karriärstegar och professionella utvecklingsplaner saknas.

Planerat arbete 2022

Konsultationsverksamheten

  • Definiera målgrupp för support.
  • Utred nodernas eventuella metodprofiler.
  • Utveckla modell för organisering av lokal respektive central support.
  • Utred hur ökad samverkan mellan noderna kan uppnås.
  • Identifiera kontaktpersoner för metodstöd i varje nod.
  • Detaljera behov i termer av specialistkompetenser och antal tjänster.
  • Föreslå en budget för metodstöd. 
  • Identifiera nyckeltal för utvärdering.

Forskningsmiljöer

För kliniska forskare:

  • Kick-off för Clinicum och show case av verksamheter som erbjuder metodstöd arrangeras i februari.
  • Utökad metodseminarieverksamhet planeras på CBB samt i Solna.
  • Ökad kommunikation som synliggör Clinicum och aktuella aktiviteter.

För metodexperter:

  • Regelbundna nätverksträffar för biostatistiker, bioinformatiker, data scientists planeras gemensamt med representanter från flera KI-institutioner.
  • Flera utbildningsaktiviteter är planerade.

Projektgruppens uppdrag

Syftet med denna rapport är att sammanfatta efterfrågan och befintligt utbud av metodstöd för klinisk forskning på Karolinska institutet (KI) och i Clinicums vårdgivarnoder, samt att föreslå en modell för ökad tillgång till sådant stöd och effektivare samverkan kring befintliga resurser. Till grund för detta arbete ligger delvis en enkät som inventerade det självskattade behovet av metodstöd bland forskare, men även intervjuer och diskussioner som  genomfördes av projektgruppen för Clinicum under perioden maj-december 2021. En lista över de personer som har deltagit i diskussioner avseende metodstöd finns sammanställd i Appendix C. 

Beslutsunderlaget från Informationshanteringsprojektet gällande uppdraget för Clinicumprojektet beskriver arbetsgruppens uppdrag enligt nedanstående. Denna rapport sammanfattar specifikt arbetet kopplat till punkt 3.

Projektgruppen ges uppdraget att påbörja arbetet med följande:

1. Detaljera Clinicums uppdrag, organisation och budget, genom att:

  • Etablera en referensgrupp för projektet.
  • Föreslå placering och form för organisationen.
  • Ta fram förslag på uppdrag och nyckeltal för Clinicum.
  • Definiera roller och kompetenser som behövs, och initiera rekryteringsprocesser.
  • Ta fram förslag på budget för Clinicum.

2. Utveckla samverkansstrukturer och avtal inom Clinicum, genom att tillsammans med noderna:

  • Utarbeta beskrivningar över vad noderna och centralfunktionen har för respektive ansvar.
  • Ta fram beskrivningar av de olika nodernas profiler, samt deras respektive planer och visioner för den egna nodens utveckling.
  • Ta fram förslag på mötesformer, övergripande agendor mm för Clinicum. 
  • Ta fram förslag om forum för kliniska forskare.

3. Förbereda utveckling av strukturer för tillgång till statistiker, bioinformatiker och övrig metodexpertis, genom att:

  • Inventera och beskriva behovet.
  • Utforma och testa en modell för att utvärdera och stödja forskningsprojekt.
  • Delta i Informationshantering på KI, för att bygga gemensamma strukturer för erbjudande av expertis.

4. Medverka i utveckling av processer och strukturer för tillgång till hälsodata från regionen, genom att: 

  • Etablera kontinuerlig kontakt med CHD med ett gemensamt mål att under 2021 ta fram en gemensam målbild för uttagsprocesser, samt en plattform för lagring och analys av de data som lämnas ut. 
  • Skapa informationssidor på KI:s medarbetarportal om uttag av hälsodata.
  • Driva piloter. 
  • Samla information om övriga uttag.

Behovsinventering av metodstöd i Clinicumnätverket

Analysstöd för medicinsk forskning behöver vara tvärvetenskapligt

För uppdragets utförande har det varit relevant att tydligare ringa in och beskriva vilka kompetenser för analys och beräkningsstöd som efterfrågas av Clinicums målgrupp; forskare som arbetar med kliniska data. Såväl  biostatistik som bioinformatik är breda ämnesområden som omfattar flera subspecialiseringar. Förutom det behov av stöd som finns inom ramen för biostatistik och bioinformatik så finns även ett behov av stöd inom de olika områden som ingår i data science och hälsoinformatik. Här ingår exempelvis artificiell intelligens (AI) och maskininlärning, datamining, dataintegration, visualisering och utvecklande av applikationer för kliniskt beslutstöd i vården. Dessa specialistområden är viktiga att inkludera vid beskrivningen av metodstöd för att på sikt även möjliggöra support av projekt inom precisionsmedicin och annan datadriven analys som förutsätter extrahering, bearbetning,  integration och analys av multimodala data från exempelvis laboratorier, biobanker och olika system som används inom sjukvården. Det finns även ett behov av olika kompetenser som är kopplade till programmering (exempelvis statistisk programmering, data management/data-wrangling) samt databasadministration. Dessa roller har gemensamt att de typiskt innebär någon form av förbearbetning av data inför analys (ex import och standardisering av data insamlade med care report forms, förbearbetning av bildmaterial, eller länkningar av stora registerdata). Även detta är ett område där flera olika typer av specialister förekommer vilka ofta har en bakgrund inom datavetenskap snarare än biostatistik och bioinformatik.

Figur 3: Figuren illustrerar teknisk metodexpertis som förekommer inom medicinsk forskning.
Figur 3: Teknisk metodexpertis som förekommer inom medicinsk forskning.

Givetvis finns flera gemensamma nämnare mellan dessa olika discipliner (Figur 3), och det förekommer också att personer rör sig mellan de olika yrkesrollerna. Mer generellt gäller dock att biostatistiker, bioinformatiker, data scientists, statistiska programmerare, hälsoinformatiker och datamanagers snarare tenderar att ha ämnesspecifik spetskompetens än bredd vilket medför att tvärvetenskapligt samarbete blir viktigt. Det tycks råda en uppfattning om att framförallt en ökad tillgång till biostatistiker och bioinformatiker är viktig för att mätta behovet av ”analysstöd”. Detta förhållningssätt stämmer inte överens med de faktiska behov som finns inom klinisk forskning och inte heller som med det utbud av subspecialiteter som vuxit fram inom de tekniska disciplinerna. 

Av de olika specialistroller som redan idag förekommer på KI och inom Regionen är det flera som kan komma att ingå i ett framtida metodforskarstöd inom Clinicum. Det saknas dock en bra sammanfattande term på svenska som motsvarar den engelska termen staff scientist vilken ofta används för personal som har en tillsvidareanställning som biostatistiker, bioinformatiker, epidemiolog, programmerare eller liknande. I den här rapporten används metodexpert/specialist som ett alternativ till staff scientist i de fall inte finns en anledning är skilja på de specifika tekniska kompetenserna. Begreppet forskningsspecialist förekommer också i rapporten, trots att denna term nyligen har fått en specifik betydelse på KI i och med införandet av nya befattningar för personal som arbetar med forskning inom ramen av en forskargrupp eller corefacilitet. De sammanfattande termer som används i den här rapporten gör däremot ingen skillnad på om metodexperten är anställd i en forskarstödsroll (dvs ingår i gruppen av teknisk administrativ personal) eller har en högre akademisk befattning (exempelvis lektor, professor).

Arbetsmarknad och utbredning av metodspecialister på KI

Biostatistik

Arbetsmarknaden för statistiker och matematiker har under lång tid kännetecknats av låg konkurrens och mycket goda möjligheter till olika typer av anställningar. Prognosen är att det kommer vara fortsatt liten konkurrens om jobben för nyexaminerade statistiker även om fem år. Det finns idag ca 3700 matematiker och 2300 statistiker på den svenska arbetsmarknaden. Av dessa är ca 300 anslutna till Föreningen för Medicinsk Statistik1 vilket indikerar att man är verksam som biostatistiker (i privat eller offentlig sektor). Sveriges enda masterprogram för biostatistik, som bedrevs gemensamt mellan Stockholms universitet, Uppsala universitet och Sveriges  lantbruksuniversitet, lades ner för drygt 10 år sedan vilket har medfört att återväxten av nya biostatistiker är låg. De flesta verksamma biostatistiker har istället en grundläggande examen i något av ämnena matematik, matematisk statistik eller statistik. Vanligt förekommande arbetstitlar för såväl matematiker som statistiker är statistiker, biostatistiker, data scientist eller analytiker2.

Bland de biostatistiker som är verksamma på KI inom medicinsk forskning så finns det dels personer som primärt bedriver teoretisk forskning inom biostatistik. Dessa personer tenderar att vara forskare och/eller forskargruppsledare med egna anslag och inte arbeta med konsultation mot andra forskare på KI. En annan, avsevärt större, grupp biostatistiker arbetar med tillämpad statistik inom medicinsk forskning. Dessa personer är ofta anställda i forskargrupper och är medforskare i projekt som i någon form bedrivs i den egna gruppen eller dess förlängning. Ofta blir dessa statistiker metodspecialister inom det medicinska område som forskargruppen verkar inom. Det är ovanligt att tid frigörs för konsultverksamhet utanför den egna forskargruppen även om det i vissa fall förekommer. En tredje grupp biostatistiker arbetar primärt med konsultation antingen internt på institutionen eller avdelningen där man är verksam (exempelvis vid MEB, SLSO), eller externt mot en bredare grupp forskare (exempelvis statistiker anställda vid Biostat Core, MedStat, CBB, SöS Statistiker, Danderyd).

Sammantaget är KI är en stor arbetsgivare för biostatistiker i Sverige och akademiskt hem för flera stora biostatistikgrupper (det finns t.ex. ca 85 statistiker anställda på MEB, KEP och IMM). Stora satsningar har gjorts vid dessa institutioner och avdelningar för att skapa forskningsmiljöer där man samlat en bred kompetens inom biostatistik, epidemiologi och forskningsdatahantering och IT. Liknande satsningar har även gjorts vid SLSOs universitetssjukvårdenheter där ca 30 statistiker arbetar, dock i första hand med verksamhetsstöd. Antalet biostatistiker som har en konsulterande roll inom corefaciliteter eller någon annan form av externt riktat forskningsstöd för kliniska forskare (vid KI och i Regionen) är förhållandevis litet (ca 20 heltidsanställningar).

1Föreningen för medicinsk statistik är en organisation under Svenska statistikfrämjandet som är den nationella sammanslutningen av statistiker i Sverige.
2På KI arbetar statistiker även under titeln koordinator eller sedvanliga akademiska titlar. Under 2021-2022 förväntas dock titeln koordinator ändras till forskningsspecialist, senior forskningsspecialist eller senior forskare.

Bioinformatik

Arbetsmarknaden för bioinformatiker påminner mycket om den för statistiker såtillvida att det råder en brist på bioinformatiker både i industrin och i akademin. Det har därför funnits ett stort behov att utbilda nya bioinformatiker, och masterutbildningar i bioinformatik har startats på flera universitet i Sverige. Det finns även masterprogram som är inriktade mot kvantitativa metoder inom Life science. Ett sådant program erbjuds även via Stockholm Trio (dvs i samarbete mellan Karolinska Institutet, Kungliga Tekniska högskolan (KTH) och Stockholms universitet) med koppling till Science for Life Laboratory (SciLife Lab). Utbildningen är specialiserad på metoder för bioinformatiska analyser av ’big data’ samt nya tekniker som används inom ’high throughput’ molekylärbiologi mm. Den utveckling av utbildningsprogram som skett inom bioinformatik har trots allt medfört att det idag är förhållandevis lätt att rekrytera duktiga bioinformatiker, i synnerhet till tillsvidareanställningar. Bioinformatiker har ofta en formell bakgrund i molekylärbiologi, biomedicin eller datavetenskap men i vissa fall även matematik. Det är svårt att uppskatta hur utbredningen av bioinformatiker på KI ser ut delvis eftersom tjänstetitlarna varierar på samma sätt som för biostatistiker. På Campus Solna finns sedan våren 2021 ett nätverk för personer som har ett intresse i bioinformatik och som arbetar med cancerforskning. Ungefär 50 personer ingår i nätverket, varav uppskattningsvis 20 personer med kopplingar till Institutionen för onkologi och patologi (OnkPat), Institutionen
för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi och Institutionen för molekylär medicin och kirurgi (MMK). På Campus Flemingsberg finns sedan 2021 Centrum för Bioinformatik och Biostatistik och som håller på att etablera ett nätverk för bioinformatiker i Huddinge. Flera grupper med forskare inom bioinformatik finns exempelvis på Institutionen för Biovetenskaper och näringslära (BioNut) som även har kopplingar till SciLife lab där ytterligare ca 30 bioinformatiker är anställda inom corefaciliteter som är uppbyggda kring den nationella forskningsinfrastrukturen NBIS3. Diskussioner har initierats om att starta ett nätverk för bioinformatiker som spänner över hela KI och som även kan bidra till ökad samverkan mellan KI och SciLife lab.

3National Bioinformatics Infrastructure Sweden.

Data Science och AI

Data science är en tvärvetenskaplig disciplin för vilken det inte finns en bra svensk översättning. En beskrivning som vi låter ligga till grund för denna rapport finns dock sammanfattad på ett koncist sätt på Wikipedia4:

“Data science is an interdisciplinary field that uses scientific methods, processes, algorithms and systems to extract knowledge and insights from noisy, structured and unstructured data and apply knowledge and actionable insights from data across a broad range of application domains. Data science is related to data mining, machine learning and big data. Data science is a ’concept to unify statistics, data analysis, informatics, and their related methods’ in order to ’understand and analyze actual phenomena’ with data. It uses techniques and theories drawn from many fields within the context of mathematics, statistics, computer science, information science, and domain knowledge.”

Utbildningsprogram inom data science finns idag på de flesta universitet som erbjuder naturvetenskapliga och tekniska utbildningar. Även fristående kurser inom maskininlärning och AI finns brett tillgängligt, inte minst på våra närliggande universitet i Stockholm och Uppsala. Arbetsmarknaden är mycket god och det är vanligt att studenter rekryteras direkt från utbildningen, inte minst till privat sektor där marknadsmässiga löner kan erbjudas5. Det finns ett behov att knyta fler personer med den här kompetensen till KI, inte minst till det forskningsstöd som planeras att erbjudas inom ramen för Clinicum. I dagsläget saknas helt möjlighet för forskare att få praktisk support i AIprojekt eller annan datadriven forskning då ingen etablerad central funktion finns för detta. Precis som för biostatistik och bioinformatik är det svårt att uppskatta utbredningen av personer med en bakgrund i data science och som har koppling till KI, men ett nätverk bestående av strax över 100 personer finns inom ramen av det pågående projektet AI@KI. Det finns en aktiv seminariekultur och ett forum för metodologiska diskussioner kopplade till data science och AI, och uppskattningsvis omkring 50 forskare som primärt bedriver forskning som använder AI-metoder6. Nätverket förväntas att växa under kommande år, inte minst inom ljuset av de satsningar som görs inom ramen av det nationella programmet Data Driven Life Science (DDLS)7 och precisionsmedicin.

4Data Science (2021) Data Science - Wikipedia, The Free Encyclopedia, hämtat från https://en.wikipedia.org/wiki/Data_science, [Online; accessed 12-Januari-2021]".
5Marknadslönen 2021 för data scientists varierar stort men uppskattas av fackföreningen Unionen till mellan 45 000 och 70 000 kronor per månad.
6AI@KI: Final Report, Magnus Boman 
7DDLS är en långsiktig satsning på datadriven forskning finansierad via Knut och Alice Wallenbergs stiftelser. Inom ramen för denna satsning har KI har tilldelats 2 biträdande lektorstjänster med tillhörande forskningsanslag motsvarande 17 Msek per tjänst för att möjliggöra etableringen av nya forskargrupper inom infektionsepidemiologi och precisionsmedicin.

Statistisk programmering/data management

Statistiska programmerare arbetar primärt med databearbetning som är kopplad till förberedelser inför de statistiska analyser som skall genomföras inom ramen för kliniska studier och randomiserade prövningar. Exempelvis ingår att på ett strukturerat sätt läsa in, formatera och standardisera studiedata från de case report forms (CRF) eller databaser som använts för datainsamling. I tillägg kan erfarna statistiska programmerare bistå vid skrivandet av statistiska analysplaner, programmera och leda valideringsarbete för de analyser som skall utföras och automatisera rapportering av studieresultat. Arbetet innebär nära samarbete med projekt- och studiestatistiker, kliniska prövningsledare samt annan medverkande personal. Statistiska programmerare kan även delta i utvecklingsarbetet med exempelvis standardiserade arbetsprocesser.

Statistiska programmerare finns idag inte på KI i någon stor utsträckning men yrkesrollen återfinns ofta inom läkemedelsindustrin, life-sciencebolag samt vissa Clinical Research Organisations (CRO). Högre ställda krav på forskningsdokumentation som syftar till ökad reproducerbarhet och validerade analyser inom klinisk och epidemiologisk forskning kommer sannolikt medföra att efterfrågan på denna typ av roll kommer att öka även inom akademisk forskning. 

Vid rekrytering av statistiska programmerare kan en lämplig bakgrund innebära en masterutbildning i datavetenskap, civilingenjörsprogrammen, teoretisk eller tillämpad matematik eller statistik. För programmerare som förväntas arbeta med kliniska prövningar är erfarenhet av SAS-programmering, arbete med forskning från industrin samt erfarenhet av CDISC8 datastandarder och valideringsarbete viktigt. Konkurrensen om personer med denna typ av erfarenhet är hög. 

Gällande stöd för data management, exempelvis hjälp med databaser, registerlänkningar, datarensning och programmeringshjälp i största allmänhet så finns det idag förhållandevis få personer som har en renodlad anställning som data manager. Ofta utförs den här typen av arbetsuppgifter av biostatistiker. Ett undantag är den stora grupp av databasadministratörer och data managers som arbetar på MEB med de stora forskningskohorterna som har sin hemvist där, samt på de olika universitetssjukvårdsenheterna inom SLSO. Rekryteringar av data managers och programmerare har även nyligen gjorts på Avdelningen för klinisk epidemiologi, Institutionen för medicin Solna (KI), och till Forskningscentrum på Södersjukhuset. Även centrala IT-avdelningen på KI har anställt programmerare som ett led i en pågående uppbyggnad av ett centralt IT-forskningsstöd.

8Clinical Data Interchange Standards Consortium (CDISC) utvecklar datastandarder för medicinska forskningsdata i syfte att möjliggöra interoperabilitet i medicinsk forskning. Dessa datastandarder används företrädesvis i kliniska prövningar.

Behovet av metodstöd bland forskare på KI och i Region Stockholm

Under hösten 2021 skickades en enkät ut till disputerade forskare på KIs 22 institutioner samt samtliga vårdgivare (inklusive flertal privata) i Clinicums noder i syfte att inventera det självskattade behovet av stödfunktioner för biostatistik, bioinformatik och datahantering. Enkäten distribuerades via administrativa chefer på respektive KI-institution och riktade sig till forskare som var verksamma i Region Stockholm/Karolinska Institutet. Efter 4 veckor hade 542 svar inkommit vilka sammanställdes och rapporterades separat till Clinicums styrgrupp i december 2021.

Sammanfattningsvis angav 447 forskare (82,5%) att det fanns ett behov av stöd för biostatistiska analyser i deras forskning. Behovet ansågs vara lika stort på KI Campus Syd (85%) som KI Campus Nord (82%), men något lägre på KI Solna (76%). Omfattningen på önskat stöd var dock förhållandevis lågt (två tredjedelar hade ett behov som var 25% av en heltidstjänst eller mindre). Gällande bioinformatik var slutsatserna likartade (med avseende på fördelning mellan campus och omfattning) även om en lägre andel forskare överlag ansåg att de hade ett behov av stöd för bioinformatik (n = 253, 47%). 

Enkät för behovsinventering:

  • Alla disputerade forskare bjöds in att delta via KIs institutioner och FOUU-organisationen i Region Stockholm.
  • Enkäten var öppen under perioden september-oktober 2020.
  • Sammanlagt inkom 542 svar varav 57% uppgav att de var kliniska aktiva. 
  • Nio av tio (92%) av de som besvarade enkäten använde sig av hälsodata i sin forskning.
  • Ett behov av stöd i biostatistik uppgavs av 82,5% av de svarande. Stöd i bioinfomatik efterfrågades av 47% av forskarna.

Majoriteten av de svarande ansåg att strategiska samarbeten skulle vara den bästa formen av stöd (37%), följt av konsultation per timme (22%), utbildning och hjälp till gruppen från någon extern person (18%), och rekrytering till gruppen (14%). 

I syfte att tydliggöra vad forskarna själva ansåg vara stöd inom biostatistik och bioinformatik fanns möjlighet att med egna ord beskriva vilken typ av stöd som avsågs. Med utgångpunkt i dessa fritextsvar kunde ett antal olika teman urskiljas vilka inkluderade:

  • konsultationer biostatistik eller bioinformatik (studiedesign och planering, metodval, reviewsvarkonsultationer),
  • analysstöd biostatistik eller bioinformatik (beräkning och programmering),
  • artificiell intelligens (AI)/maskininlärning (ML),
  • data wrangling/control inför bioinformatiska analyser,
  • data management/dataläkningar/datarensning, 
  • visualisering av resultat eller data (intuitiv och interaktiv), 
  • validering och kvalitetskontroll av programmeringskod och resultat inför färdigställande av publikationer,
  • metodologiskt stöd i handledning av doktorander samt vetenskapligt skrivande.

Vi noterade därmed med stöd av fritextsvaren att det finns ett utbrett behov av stöd som innebär teknisk kompetens inom andra områden än biostatistik och bioinformatik, t.ex. AI, datavisualisering, wrangling, data control, data management och informatik (Figur 4). Vi fann även med hjälp av fritextsvaren att ungefär en tredjedel av de som önskade stöd i biostatistik framförallt ville ha stöd i form av konsultationer (ex diskussion av design, metodval tidig projektfas) och att 43% hade ett behov av stöd med faktiska analyser. För bioinformatik var motsvarande siffror 10% (konsultationer) och 54% (stöd med analyser).

Figuren illustrerar fritextsvaren om vilken typ av biostatistisk och bioinformatisk support som önskades av dem som besvarade enkäten. Totalt antal som besvarade enkäten var 542.
Figur 4: Fritextsvar avseende önskad typ av biostatistisk och bioinformatisk support. Antal som besvarade enkäten: 542.

Stöd i data management efterfrågades av ca 40% av de forskare som besvarade enkäten. Bland dessa hade 3/4 givit exempel i form av fri text på vilken typ av stöd de önskade. Datalagring efterfrågades i störst utsträckning (26%), följt av datalänkning (18%), datarensning (18%), juridisk rådgivning (10%) och datadelning (6%). Flera funktioner för metodstöd som efterfrågas, inte minst inom biostatistik, finns redan i Clinicums noder. En sammanfattning av dessa verksamheter finns presenterad i Appendix B. Ersättningsmodellerna och omfattningen av dessa tjänster varierar från att vara kostnadsfria för forskarna i vissa noder tack vare central finansiering från institutionen (t.ex SöS Forskningscentrum, eller Kliniskt forskningscentrum norr, Danderyd), till att vara tillgängliga för alla forskare men associerade med en timtaxa (t.ex Biostat Core, MedStat). Utöver funktioner för projektspecifikt metodstöd så finns det även flera nätverk inom epidemiologi, biostatistik, bioinformatik och AI som ordnar regelbundna seminarier med allmänt fokus på metod, t.ex via Strategiska forskningsområdet i biostatistik och epidemiologi (SFOEpi), Cancer bioinformatics network (CBioNet) och AI@KI.

Föregångare för metodstöd i klinisk forskning internationellt och i Sverige

Under Clinicumprojektets första halvår har vi, parallellt med inventeringen av befintligt forskningsstöd internt på KI, även varit i kontakt med flera utländska universitet som redan har väletablerade funktioner för metodstöd med inriktning mot klinisk forskning. Kontakter har i första hand tagits med programdirektörer för de satsningar som gjorts vid 

  • Harvard Biostatistics Program som är en del av Harvard Catalyst Program (USA),
  • Mayo Clinic Research Core Facilities, Mayo Clinic (USA),
  • Statistical Advisory Services, Köpenhamns universitet (Danmark),
  • Applied Biostatistics Network, Michigan Institute for Clinical and Health Research,
  • University of Michigan (USA).

Även i Sverige finns flera exempel på organiserat metodstöd för klinisk forskning. Exempelvis har Akademistatistik, Sahlgrenska akademin, Göteborgs universitet under mer än 10 års tid tillämpat en modell som på många sätt påminner om de satsningar som gjorts internationellt (om än i mindre skala). 

Den viktigaste målsättningen med denna inventering av externa modeller har varit att kunna föreslå en modell för metodstöd via Clinicum som bygger på beprövad erfarenhet från välfungerande program. Det har varit både lärorikt och tidsbesparande att ta del av hur forskningsstödet är organiserat vid andra lärosäten och vi anser att det finns stor potential att importera flera idéer och strukturer till en framtida Clinicumorganisation. Från projektgruppen är vi tacksamma för det positiva gensvar vi har mött i diskussionerna med våra internationella och svenska kollegor vilka både har visat stort intresse för vårt arbete i Stockholm och varit mycket generösa med sin tid, erfarenheter och råd.

En sammanfattning av målgrupp, typ av tjänster som erbjuds, omfattning och subventionsnivå för forskare verksamma vid Harvard, Mayo clinic, Rigshospitalet samt Göteborgs universitet finns som en bilaga i Appendix A (Figur 7). För vårt fortsatta arbete i projektgruppen har det varit särskilt betydelsefullt att förstå de grundläggande strukturerna för forskningsstödet i de olika organisationerna. Trots att de ekonomiska förutsättningarna att etablera och driva program av den här typen varierar kraftigt mellan universitet och länder, National Institute of Healths (NIH) infrastrukturanslag har exempelvis varit den största ekonomiska motorn i de amerikanska satsningarna, så finns flera gemensamma nämnare i hur stödet är organiserat. Några återkommande teman för sådana gemensamma strukturer återges nedan och diskuteras därefter vidare mer ingående.

  • I samtliga fall har satsningar gjorts att kombinera subventionerat stöd (dvs kostnadsfritt för forskare upp till X timmar per projekt) med avgiftsbelagda tjänster inom ramen av corefaciliteter eller liknande.
  • Det subventionerade stödet riktar sig i första hand till projekt i tidig fas genom rådgivning som syftar till att projektet görs rätt från början med avseende på planering, design, metodval etc. Analysstöd ingår sällan i det subventionerade stödet.
  • En varierande nivå av förarbete förväntas av de forskare som söker metodologiskt stöd.
  • De subventionerade mötena med forskare syftar även till att informera och marknadsföra andra befintliga tjänster för fortsatt metodstöd (exempelvis corefaciliteter) samt att ge råd om resurssättning för projektet vilket underlättar för forskaren vid ansökningar om forskningsanslag. 
  • De medverkande metodexperterna har gedigen erfarenhet av forskning, specialistkompetens från egen forskning eller undervisning, och ersätts för att delta i det organiserade forskningsstödet på deltidsbasis. 
  • Satsningar har gjorts parallellt att utveckla lämpliga ersättningsmodeller och karriärmöjligheter för de metodexperter som deltar i forskarstödet. Sådana lösningar handlar t.ex. om att etablera tydliga karriärstegar och tjänster, möjlighet till professionell utveckling och/eller delfinansierad forskningstid.

Blandad subventionsmodell för metodstöd

Ett syfte med att etablera ett program eller strukturer för metodstöd handlar om att höja kvaliteten på den forskning som ska utföras. Den enskilt viktigaste faktorn för att detta syfte ska ha goda chanser att uppfyllas är att stöd söks i tidig projektfas. Kännetecknande för tidig projektfas är att fokus för rådgivningen är på hypotes, feasibility (datakvalitet, power), studiedesign, analysplaner, för- och nackdelar med olika metoder, och stöd vid anslagsansökningar (inklusive hjälp att upprätta en rimlig budget för långsiktig metodsupport). Databearbetning eller statistisk analys förekommer vanligtvis inte i detta skede och var inte heller tjänster som erbjöds utan kostnad vid de universitet som vi kontaktade. Tvärtom så poängterade exempelvis företrädare för Mayo Clinic Research Core vikten av att analystjänster bör vara avgiftsbelagda. Det uppmuntrar till bättre studie- och analysplanering och färre onödiga analyser där antalet timmar som analyserna tar att utföra snabbt kan dra iväg men där syftet mest var av karaktären "Det skulle vara intressant att veta hur många....", eller "vad händer om man....". Efterfrågan på den här typen av ’spontananalyser’ uppstår ofta i studier som är bristfälligt planerade eller har ett otydligt vetenskapligt syfte från start. Att subventionera den del av stödet där studier planeras och statistiska analysplaner och studieprotokoll diskuteras och utvecklas är därför välmotiverat både från ett vetenskapligt perspektiv och ur effektivitetssynpunkt. En tydlig plan för projektet och de analyser som ska genomföras är naturligtvis även tidsbesparande för den statistiker eller programmerare som i nästa skede bistår med analysarbetet, i de fall då forskaren inte har möjlighet eller kunskap att utföra detta på egen hand.

Antalet timmar tillgängliga för kostnadsfri rådgivning varierade mellan universiteten, och i vissa fall, t.ex. på Harvard, fanns inget förutbestämt antal timmar för support. Istället visar deras erfarenhet på att de flesta projekt kräver 1-3 konsultationstimmar och få projekt behöver fler än 10 timmars fri rådgivning. En liknande modell tillämpades för forskare på Rigshospitalet i Köpenhamn där antalet fria konsultationstimmar bedöms på projektbasis och där en kombination av fria och avgiftsbelagda konsultationstimmar kan komma ifråga för större projekt. Vid Sahlgrenska akademin i Göteborg är det kostnadsfria stödet subventionerat tack vare ALF-finansiering och ett tak på 5x70min konsultationer är satt per studie. Subventionen är på projektbasis vilket dock innebär att en forskare kan ansöka om nytt stöd för nya projekt.

Stöd i tidig projektfas medför dock krav såväl på den forskare som söker stöd som på den statistiker som ska erbjuda stödet. Come prepared var ett återkommande tema för diskussionerna med representanterna för de amerikanska initiativen. Olika strategier för att öka utväxlingen vid konsultationerna tillämpades. Vid Mayo clinic ombeds exempelvis forskare att bifoga en projektbeskrivning som i det optimala fallet även är kompletterad med en litteraturöversikt från det aktuella forskningsområdet. Utöver möjligheten att bättre kunna matcha projekt till en eller flera konsulter med rätt expertis så medför den här typen av förarbete från forskarens håll en bättre medvetenhet om state-of-the-art i det egna fältet vilket också kan bidra till att höja projektets kvalitet (eller upptäcka att studien redan är gjord). Även vid Harvard används ansökningsformulär som är utformade så att projektets syfte tydligt beskrivs av forskaren vilket sedan ligger till grund för att triagera projekt till rätt konsult för att öka effektiviteten i de subventionerade konsultationerna.

Subventionerat stöd informerar om utbudet av forskarstödtjänster

Mayo Clinic Research Core är det tydligaste exemplet på hur subventionerade konsultationer används som en lots in i en forskningsmiljö som är baserad på flera olika corefaciliteter. Det tillgängliga utbudet av metodstöd finns samlat i 4-5 corefaciliteter (Biostatistics core, Bioinformatics Core, Informatics Core och Translational informatics/Data Science Core, där de två sistnämnda är förhållandevis nya och har vuxit fram ur corefaciliteten för bioinformatik). Sammantaget arbetar ca 300 biostatistiker, bioinformatiker, statistiska programmerare, data scientists och informatiker i denna organisation, med flest personer (ca 80 statistiker och 120 programmerare) anställda i corefaciliteten för biostatistik, följt av 40 personer i corefaciliteten för bioinformatik. I de inledande konsultationerna som finansieras via ett infrastrukturanslag från NIH deltar oftast personer från flera corefaciliteter (exempelvis både en eller flera biostatistiker och statistiska programmerare) i syfte att från start integrera den forskare som söker stöd i den forskningsmiljö som corefaciliterna utgör och de olika forskarteam som finns där. Viktigt att poängtera är att de forskare som arbetar med forskarstöd typiskt är specialiserade inom specifika medicinska områden, och även bedriver egen forskning inom dessa. Exempelvis finns en större grupp statistiker som i stort sett uteslutande arbetar med studier inom hematologi, och som därmed också företrädesvis supporterar projekt som är kopplade till just hematologi. Vid de inledande konsultationerna marknadsförs de corefaciliteter och tjänster som är relevanta för det aktuella projektet och en diskussion om hur man kan stärka anslagsansökningar och budgetera för ett långsiktigt metodologiskt stöd för projektet förs alltid då forskningsanslag är det vanligaste sättet att finansiera fortsatt metodstöd.

Analystjänster hanterades generellt lite olika vid de övriga universiteten. Exempelvis förekommer analysstöd och programmeringsstöd inte alls inom ramen av t.ex. Harvards biostatistikprogram (på Harvard finns däremot ett stort antal corefaciliteter som är specialiserade på olika aspekter av biostatistik och bioinformatik för forskare som önskar fortsatt stöd mot ersättning). I Köpenhamn erbjuds inte analysstöd till den del av supporten som riktar sig till doktorander, medan forskare på Rigshospitalet har möjlighet att få vissa statistiska analyser utförda (dock inte hjälp med förberedande data management eller datarensning). Via Akademistatistik i Göteborg är fortsatt analysstöd subventionerat (kostnad 600kr/h) och ersättningsnivån är harmoniserad med den som tillämpas vid Gothia Forum, (kompetenscenter som syftar till att stärka klinisk forskning) och i en befintlig corefacilitet för bioinformatik.

Internt rekryterade specialister och studentsamarbeten

Ett vanligt sätt att organisera forskningsstödet är genom att möjliggöra att metodexperter som redan befinner sig i organisationen kan affiliera sig till forskningssupporten på deltidsbasis. Omfattningen av deltidsengagemanget var exempelvis ca 10-15% av en heltidstjänst för de ca 20 konsulter som gemensamt hanterade ca 900 förfrågningar om konsultationer årligen i Harvards biostatistikprogram. Man poängterade att det sannolikt skulle vara svårt att finna erfarna statistiker som skulle vara beredda att ägna mer av sin arbetstid än så på konsultationer som är orelaterade till den egna forskningen. En liknande situation gällande möjligheterna att engagera befintlig personal på KI i forskningsstöd via Clinicum kommer att vara aktuell då de biostatistiker och bioinformatiker som redan arbetar i organisationen i stor utsträckning bedriver egen forskning eller är specialiserade inom ett specifikt forskningsområde inom ramen för en forskargrupp. Fördelarna med att engagera flera metodspecialister i forskarstöd är dock flera. Bortsett från att det banar väg för en struktur som är mindre känslig för personalomsättning, så möjliggör det ett skalbart system där en större mängd specialistkompetenser kan ingå. På Harvard beskriver man vidare att de konsulter som arbetar inom programmet i viss mån har överlappande kompetens men att man även har haft möjlighet att täcka in exempelvis maskininlärning och bildanalys via tre konsulter med en starkare profil mot data science. Dock poängterades att man också tvingats att prioritera vilken målgrupp man har för sina tjänster (translationella och kliniska forskare på postdocnivå eller högre), i vilken omfattning stöd kan ges och hur den kollektiva kompetensen inom det nätverk av konsulter som man har ska  fördelas. Alla projekt kan inte få stöd i dagsläget och det är viktigt att inte lova mer än man har möjlighet att leverera. Transparens i termer av vad som kan erbjudas är viktigt för att matcha förväntningarna på vad som kan åstadkommas med begränsade resurser och medverkande konsulter. Erfarenheten från Harvard är dock att det stöd som erbjuds utan kostnad för forskare är mycket uppskattat även om man inte i varje enskilt fall kan matcha hela behovet av stöd som finns i forskningsprojektet.

I Danmark råder en liknande situation som i Sverige gällande bristen på biostatistiker i största allmänhet. Inte heller i Köpenhamn finns en masterutbildning för biostatistik. Inom ramen för deras Statistical Advisory Services program på Rigshospitalet har man därför valt att rekrytera studenter från masterprogrammet i teoretisk statistik9 och utbilda dem i praktisk biostatistik via konsultationsprogrammet. Vissa studenter rekryteras under  utbildningen och har konsultationer som ett extrajobb och andra rekryteras efter avklarad utbildning och blir forskarassistenter. Anställningarnas längd varierar från ett par månader och upp till 18 månader och tjänsterna  finansieras via Köpenhamns universitet och/eller Rigshospitalet. Den primära uppgiften för studenterna är att analysera data med stöd från en senior biostatistiker. På detta sätt bidrar också programmet till att träna nya biostatistiker.

Det finns idag ett behov av att utveckla KIs utbildningsutbud för att säkerställa tillgång på biostatistiker i framtiden. Diskussioner har t.ex. under flera år förts om att starta ett masterprogram i biostatistik. Stora möjligheter finns även att samordna kurser som kan främja samarbeten mellan studenter, erfarna statistiker och kliniska forskare med Clinicums aktiviteter. Exemplevis finns planer, initierade av MEB, på att ansöka om att starta en ny forskarutbildningskurs i statistisk konsultation på KI där ett syfte liknar det i Köpenhamn, dvs träna statistiker i konsultation samt låta kursdeltagare medverka i forskningsstöd antingen via examensarbeten på läkarprogrammet eller andra väl tidsavvägda forskningsprojekt.

9Som är en bredare statistik utbildning med fokus på matematisk statistik och utan kurser inriktade specifikt mot biostatistik. Liknande utbildningar finns på Stockholms universitet och Uppsala universitet.

Karriärmöjligheter och professionell utveckling för metodspecialister

A well-trained core with the ability to scale to the need of the researchers. Så beskriver företrädare för Mayo Clinic Research Core en viktig aspekt av sin verksamhet, den som handlar om deras interna program för  professionell utveckling av anställda i corefaciliteterna. Den snabba utvecklingen av analysmetoder och datamängder inom bioinformatik, nya typer och strukturer på data som skall samanalyseras i exempelvis translationella eller precisionsmedicinska projekt med hjälp av biostatistiska eller AI-metoder, samt ökat tvärvetenskapligt samarbete medför att det finns ett behov att värna och uppmuntra till såväl professionell utveckling inom det egna fältet samt närliggande fält. En statistiker bör kunna kommunicera med en bioinformatiker och vice versa, och båda behöver kunna kommunicera effektivt med de kliniska forskarna vars projekt man medverkar i. På Mayo Clinic har man utvecklat detaljerade arbetsbeskrivningar för de olika roller som finns i organisationen (exempelvis bioinformatician, senior bioinformatician och prinicipal bioinformatician) vilka utgör interna karriärstegar men också formaliserade program för professionell utveckling. Alla statistiker, bioinformatiker och programmerare deltar i regelbundna utbildningsaktiviteter (seminarier, kurser, konferenser, självstudier) för att öka sina kunskaper inom programmering, data management, statistik, bioinformatik, biologi och det medicinska forskningsområde som de arbetar inom. På Harvard beskrivs liknande möjligheter till professionell utveckling, inte minst via Catalystprogrammet, men också genom journal clubs, kurser etc. som är tillgängliga både för de statistiker som ingår i den virtuella konsultgruppen men även andra statistiker. Önskemål om just den här typen av utbildningsaktiviteter bland de statistiker som idag har en konsulterande roll på KI och i de olika vårdgivarorganisationerna finns och var också någonting som efterfrågades i samband med vår inventering av befintligt stöd. Inte minst efterfrågades kurser inom metoder som uppfattas som nya inom medicin, exempelvis maskininlärning.

Vi har tidigare i denna rapport konstaterat att det råder brist på de tekniska yrkesroller som behövs för att möta dagens behov inom medicinsk forskning. En faktor som medför att det kan vara svårt att rekrytera erfarna biostatistiker till att arbeta med forskningsstöd är att sådana uppdrag inte är akademiskt meriterande. Att skapa bättre möjligheter att kombinera en konsulterande roll med egen forskning är därför ett sätt att skapa incitament också för erfarna metodexperter att ingå i forskarstödet. Detta kan ske via ersättningsmodeller för den tid som läggs på konsultationer. Att en timmes konsultation ersätts med tillägg av en timme egen forskningstid är en modell som var vanlig i de internationella programmen i de fall seniora konsulter rekryteras till programmen på deltidsbasis. Liknande modeller tillämpas även redan informellt på KI i flera sammanhang.

Etablerande av nätverk för erfarenhetsutbyte

Utöver de kontakter som tagits med universitet som erbjuder support för klinisk forskning valde vi även att kontakta programdirektören för ett NIH-finansierat biostatistiknätverk vid Michigan Institute for Clinical and Health Research, University of Michigan (USA). The Applied Biostatistics Network startade 2018 med syftet att bryta campusisoleringen av de statistiker, bioinformatiker, data scientists och epidemiologer som arbetade enskilt eller i små grupper utspridda vid olika avdelningar och institutioner på universitetet 10. Genom att aktivt identifiera personal som skulle kunna tänkas vara intresserade av att ingå i ett professionellt nätverk har man idag knutit ca 300 personer till det. ABSnätverket är organiserat på ett sätt som uppmuntrar till aktivt deltagande från dess medlemmar. Bland de regelbundna aktiviteterna ingår fyra större seminarieevents varje år till vilka välkända föreläsare bjuds in, tätare informella medlemsträffar utformade som lunchseminarier (Lunch n’ Learn), workshops och kurser. Varje större aktivitet utvärderas skriftligen och en enkät som syftar till att vidareutveckla nätverket och dess aktiviteter cirkuleras årligen. En webbportal och plattform har tagits fram och som fungerar som ett internt professionellt forum där man kan ställa metodfrågor, knyta nya kontakter och identifiera andra forskare i organisationen med liknande (eller kompletterande) vetenskaplig profil. Kursmaterial samt inspelade versioner av seminarier och föredrag finns också tillgängliga för nätverket via denna plattform.

I dagsläget deltar inte ABS-nätverket i konsultation men planer finns att utveckla en sådan tjänst riktad till alla sjukhus i delstaten Michigan där klinisk forskning bedrivs. Företrädare för nätverket är därför intresserade av fortsatt erfarenhetsutbyte med KI och den framtida Clinicumorganisationen. De har även varit generösa med att dela information och erfarenhet om hur nätverket drivs med Clinicums projektgrupp, samt bjudit in till en guidad genomgång av deras webbportal.

Situationen i Michigan som motiverade att ABS-nätverket bildades påminner i flera avseenden om den situation som vi idag har för anställda med en teknisk eller beräkningsprofil på KI och i Region Stockholm. Att etablera ett nätverk, likt ABS-nätverket, är någonting som har diskuterats under flera år bland KIs biostatistiker, inte minst på MEB. Under hösten 2021 arrangerades också en första nätverksträff i Aula Medica med 120 anmälda biostatistiker, bioinformatiker, datavetare och matematiker. Inbjuden externtalare var professor Tom Britton från Stockholms universitet. Nätverksträffen, som var mycket uppskattad, finansierades med stöd från SFOEpi och arrangerades av MEB i samarbete med Clinicums projektgrupp. Under våren 2022 planeras ett uppföljande möte med fler vetenskapliga presentationer och tillfälle till mingel och nätverkande.

10 Khalatbari S, Jazdzyk D, Capsouras J, Downey B, Samuels E, Spino C Developing an Applied Biostatistical Sciences (ABS) network, (2020) J Clin Transl Sci, Jul 6;5(1):e15.

Framtidens krav på metodstöd i Clinicumnätverket

Befintligt metodstöd och ej tillgodosedda behov

Idag finns flera stora grupper av biostatistiker och bioinformatiker och andra yrkesgrupper med teknisk eller beräkningsbakgrund utspridda på KIs institutioner och i Clinicums noder. Majoriteten av dessa personer är anknutna till en specifik forskargrupp, bedriver egen forskning, eller arbetar företrädesvis med stöd till den egna verksamheten. Strategiska vetenskapliga samarbeten inom medicinsk forskning är dock vanligt förekommande mellan kliniska forskare och statistiker med forskartjänster. En drivkraft för sådana samarbeten är ofta att den kliniska frågeställningen som  ska undersökas också medför ett behov av nytänkande avseende den statistiska metoden, alternativt utvecklande av nya metoder.

Den karta som beskriver möjligheter för kliniska och epidemiologiska forskare att söka metodstöd är däremot något fragmenterad. För stöd i biostatistik erbjuds såväl rådgivning som analysstöd via de konsultgrupper som finns på Campus Solna (Biostat Core, MedStat), Campus Flemingsberg (CBB), Södersjukhuset (Forskningscentrum/EPI-SÖS) samt Danderyds sjukhus (Kliniskt forskningscentrum norr). Tillgång och subventioneringsgrad för dessa tjänster varierar dock. För forskare kopplade till Södersjukhuset och Danderyds sjukhus är supporten kostnadsfri medan support för övriga forskare, exempelvis via Biostat Core och Medstat, finns tillgänglig mot en kostnad för den enskilde forskaren. Den behovsinventering som utfördes under hösten visade dock på att en majoritet av de forskare som hade ett behov av metodologiskt stöd även hade ekonomiska förutsättningar att betala för sådana tjänster. Kapacitet att möta en ökad efterfrågan finns för närvarande i flera av de grupper som tillhandahåller statistik support på timbasis och en viktig roll för Clinicum kommer att bli att öka kännedomen om dessa tjänster bland forskare.

Stöd inom bioinformatik finns idag tillgänglig företrädesvis via den nationella forskningsinfrastruktur som tillhandahålls via NBIS och SciLifelab. Såväl kostnadsfri rådgivning som subventionerat analysstöd erbjuds och kan bokas  via NBIS hemsida. Sedan 2020 erbjuder även CBB rådgivning för bioinformatiska projekt, mentorskapsprogram och drop-in arbetssessioner. Under 2021 har också fler biostatistiker och bioinformatiker rekryterats till  forskarstödet på Campus Flemingsberg.

För såväl biostatistisk och bioinformatisk support framkom under inventeringen att de existerande supporttjänsterna inte alltid kan erbjuda tillräckligt specialiserat eller avancerat stöd, eller fullgod support för projekt inom vissa medicinska områden. Ett behov att komplettera de befintliga metodstödtjänsterna genom att öka tillgången till specialister inom exempelvis kliniska prövningar, överlevnadsanalys, bildanalys, kausal inferens, och  prediktionsmodellering/maskininlärning finns.

Flera forskargrupper och forskarstödverksamheter kompletterar (eller har uttryckt en önskan att kunna komplettera) det befintliga utbudet av support på KI med tjänster som köps in från externa statistikkonsulter. Detta är föga förvånande då de största aktörerna i Stockholmsområdet som tillhandahåller tjänster i biostatistik och statistisk programmering kan erbjuda tillgång till seniora statistiker mångårig forskningserfarenhet såväl från akademisk forskning (inte sällan från KI) och/eller läkemedelsindustrin. Kostnaden att kontraktera externa statistikkonsulter är ett par hundralappar dyrare per timme än den för KIs interna tjänster. Dock så är inte externa  statistiksupporttjänster centralt upphandlade vilket i dagsläget gör inte gör det möjligt att rekommendera en sådan lösning för att exempelvis kapa arbetstoppar eller erhålla specialiststöd11.

Utmaningar:

  • Fragmenterat landskap för metodstöd på KI och i Regionen. 
  • Stöd saknas för vissa avancerade statistika metoder, kliniska prövningar samt inom AI.
  • Externa konsulttjänster finns och används till högre kostnad än interna tjänster men behöver kompletteras med upphandling.
  • Databearbetning är typiskt det mest tidskrävande momentet och ämneskompetens är nödvändig.
  • Utvecklings- och karriärmöjligheter för metodspecialister behöver utvecklas på KI.

Det saknas idag möjlighet att få support för AIprojekt och andra datadrivna projekt trots att en efterfrågan finns bland kliniska forskare för stöd i framförallt maskininlärning men även naturlig språkbehandling12. En utförlig genomlysning av AI-forskning på KI samt en analys av långsiktiga behov har gjorts inom ramen för AI@KI-projektet. En interimsrapport för projektet publicerades i januari 2021 och en uppföljande slutrapport kommer att bli tillgänglig i januari 2022. Inom detta område råder det för närvarande hög aktivitet på KI där chans till synergier finns med andra pågående satsningar, exempelvis KIs åtaganden inom DDLS, en intresseansökan om värdskap för en Data Area Node (DAN) för den infrastruktur för datahantering som är planerad inom det nationella DDLS-programmet, samt Task Force Precisionsmedicin (där AI ingår i fokusområdet för diagnostisk utveckling). På vilka  sätt Clinicums framtida organisation och aktiviteter eventuellt kan samordnas eller ta avstamp i dessa parallella satsningar är en fråga som kommer att diskuteras och utvecklas vidare under 2022. 

Även forskarstöd för praktisk datamanagement, statistisk programmering och data control/wrangling efterfrågas. Detta är en särskilt svår uppgift att lösa av flera skäl. Delvis för att datalänkning, harmonisering, rensning och  annan bearbetning utgör den i särklass mest tidskrävande delen av ett forskningsprojekt, men också för att detta arbete i det typiska fallet är studiespecifikt och förutsätter att personen som utför arbetet har god kunskap om  såväl datakällorna, hur data ska analyseras och syftet med studien. Det är därför osannolikt att en central rekrytering av statistiska programmerare eller datamanagers med ’generisk’ kunskap i programmering, och utan tydlig  förankring i de forskningsmiljöer där de olika projekten hör hemma skulle bli lyckad. Av de internationella forskningsmiljöer som vi inventerat erbjöd endast Mayo Clinic Research Core stöd i databearbetning. För varje statistiker  som bistår med att planera och konsultera i ett givet forskningsprojekt adderas forskningsteamet med 1-2 datamanagers som ansvarar för att förbereda data och utföra de statistiska analyserna. De statistiker och datamanagers som deltar i forskarstödet har också en koppling och tidigare erfarenhet av specifika medicinska forskningsområden. Detta exempel signalerar hur stor satsning som skulle behöva göras för att uppnå en rimlig  lösning på den nuvarande bristen på stöd för data management. Det är dock fullt möjligt att tillhandahålla generella råd avseende best practise när det kommer till databearbetning i forskningsprojekt. En sådan tjänst skulle också  lämpa sig väl inom ramen för Clinicums uppdrag kring metodstöd. För forskare med mindre omfattande behov av stöd i databearbetning eller registerlänkningar är det bra att känna till att Biostat Core redan idag  erbjuder en sådan tjänst.

Slutligen, det saknas forum för support där biostatistiker, bioinformatiker, data scientists  och programmerare arbetar i team vilket medför att det är svårt för forskare att finna metodologisk support för mer komplexa studier. Här  ingår exempelvis precisionsmedicinska eller andra translationella projekt. Det finns ingenting som idag direkt hindrar olika supportfunktioner från att samarbete i sådana projekt men sådan samverkan förekommer inte vad vi vet  idag. En möjlighet som vi i projektgruppen för Clinicum anser finns är att implementera en modell för metodstöd som också kan erbjuda multidisciplinärt metodstöd.

11Flera upphandlingar som är kopplade till specifika stora forskningsprojekt finns dock.
12Eller NLP (Natural Language Processing).

Principer för metodstöd via Clinicum

Vi har sett flera exempel på hur metodstöd för klinisk forskning är organiserat på andra lärosäten och har i diskussionerna om en lämplig modell för Clinicum haft dessa i närminnet. Baserat på de resurser som redan idag finns etablerade i KIs och Clinicums noder, och den behovsinventering som genomförts, har vi i projektgruppen riktat in oss på att utveckla en modell som uppfyller följande generella principer:

  • Virtuellt organiserat stöd. 
  • Stödet bör finnas lokalt och nära den kliniska forskningen i noderna med möjlighet till utökat specialiserat stöd centralt eller i samverkan mellan olika noder.
  • Forskningsspecialister inom biostatistik, bioinformatik och AI ’rekryteras’ i första hand internt mot ersättning för del av lön (enligt modell som inte förutsätter timrapportering eller andra former av administrativa trösklar som sänker  incitament att medverka).
  • Stöd via Clinicum bör komplettera och samverka med befintliga verksamheter istället för att konkurrera med dessa. Clinicum bör även fungera som en lots till dessa verksamheter i den mån utökat stöd behövs.
  • Konsultationer via Clinicums nätverk av specialister bör vara kraftigt subventionerat alternativt kostnadsfritt för forskare. 
  • Stödet omfattar i första hand rådgivning i tidig projektfas, eller konsultation av annan typ som är tydligt avgränsad (exempelvis granskning av abstract, manuskript, referentkommentarer etc). Syftet är att höja forskningens  vetenskapliga kvalitet snarare än att ’utföra forskningen’.
  • Analyser ingår inte i det centralt organiserade stödet via Clinicum, med undantag av stöd för powerberäkningar i samband med forskningsanslagsansökningar.
  • En modell för support bör vara skalbar både i termer av antal medverkande forskningsspecialister och specialistområden13. Områden som kan tänkas ingå förutom biostatistik, bioinformatik och AI är rådgivning vid  beställning av uttag av hälsodata eller rådgivning kring praktisk datahantering (dvs hur man på ett strukturerat sätt organiserar forskningsdata).

Figur 5 ger en övergripande bild av hur befintligt metodstöd på KI och i noderna skulle kunna kompletteras för att möta de behov som finns bland forskare. De rödmarkerade rutorna representerar funktioner som inte finns i  dagsläget men som projektgruppen har för avsikt att arbeta vidare med under våren 2022.

13Mayo Clinic startade exempelvis inte sin verksamhet med att rekrytera 200 statistiker och programmerare utan satsade istället på något som informellt kallas en Front door stop där initiala konsultationer ges kostnadsfritt och  övrigt utbud gällande metodstöd marknadsförs.

Figur 5 visar strukturen för metodstöd via Clinicum samt befintliga verksamheter.
Figur 5: Struktur för metodstöd via Clinicum samt befintliga verksamheter.

En modell under utveckling

Flera förutsättningar att organisera metodstödet via Clinicum enligt de generella principer som listats ovan finns redan idag på KI och i Clinicums noder. Den kompetens som erfordras finns i stor utsträckning utspridd i  verksamheterna och det finns ett visat intresse bland erfarna forskare med metodologisk specialistkompetens att delta i den typ av aktiviteter som föreslås. Vissa externa rekryteringar kan dock komma att behöva göras. I  synnerhet för att möta behovet av stöd inom exempelvis AI/maskininlärning, precisionsmedicin och kliniska prövningar. Flera övriga detaljer behöver också utredas och utformas vidare. Bland dessa ingår att:

  • Föreslå primär målgrupp med utgångspunkt i vad som är rimligt med begränsade resurser. En fråga som diskuterats är möjligheten för doktorander att få support för sina projekt. Denna fråga har hanterats olika av våra  internationella föregångare. I Köpenhamn finns exempelvis en reducerad supporttjänst (20 minuters konsultationer, statistikcafé för rådgivning) som inte inkluderar analyser. På Harvard kan support endast sökas av forskare på  postdocnivå eller högre. 
  • Hur ska projekt för vilka stöd söks triageras (om alls)? Denna fråga bör i första hand diskuteras och beslutas om i Clinicums styrgrupp då en metodstödsverksamhet inte i borde ta strategiska beslut om vilken slags forskning som ska prioriteras. 
  • Både central och lokal koordinering av stödet kommer att behövas. En enkel struktur för hur stöd kan sökas av forskare där de lokalt befinner sig i organisationen behöver etableras i noderna. En kontaktperson med god  kännedom om vilka möjligheter till stöd som finns i övriga noder i händelse att support ej kan erbjudas lokalt behöver utses.
  • Ett beslut om antalet heltidstjänster (fördelade på X specialister) som ska rekryteras internt för att komplettera befintliga verksamheter behöver tas. En budget som integreras med övriga etablerings- och driftkostnader för  Clinicum behöver upprättas som underlag för ett sådant beslut.
  • Arbeta fram acceptabla ersättningsmodeller för medverkande metodspecialister. I vilken utsträckning kan tid frigöras från andra arbetsuppgifter för att ingå i Clinicums metodstöd? 
  • Kan/bör noderna ha uttalade profilområden (exempelvis biostatistik, epidemiologisk studiedesign, AI, bioinformatik)? Vilka är fördelarna med detta? 
  • Genom vilka aktiviteter kan man maximera samverkan kring metodstöd mellan noderna? 
  • Hur ska modellen för forskarstöd utvärderas? Vilka är de viktigaste nyckeltalen eller andra framgångsfaktorer som bör följas upp regelbundet?

Förutom dessa praktiska frågor som är direkt kopplade till konsultationsverksamheten, kommer det att vara viktigt att fortsätta göra satsningar som möjliggör för erfarna metodspecialister att delta i forskarstödet. För den här  gruppen kan det upplevas att man behöver välja om man ska satsa på en akademisk karriär som forskare eller som tekniskt administrativ personal som arbetar med forskarstöd. Detta resonemang har delvis sitt ursprung i att  konsultationsuppdrag inte anses vara akademiskt meriterande14. Våra internationella föregångare har dock visat att så inte behöver vara fallet. Genom att utveckla tydliga karriärstegar, möjliggöra professionell utveckling som deltagande i kurser, workshops och konferenser, samt att erbjuda en forskningsmiljö och ett sammanhang som också är relevant för den egna disciplinen kan man komma långt i att omvandla forskningsstöd till en attraktiv  arbetsuppgift som skapar mervärde också till den egna forskningen.

14I själva verket kan det snarare ligga forskaren i fatet att ha en lång publikationslista med flera mittenförfattarskap som signalerar om en vag eller otydlig egen forskningslinje vid ansökningar om anslag till den egna forskningen. 

Ett nätverk av specialister

Figur 6 sammanfattar visionen för ett virtuellt nätverk av metodspecialister med bakgrund i olika tekniska discipliner som affilieras till Clinicum via befintliga tjänster antingen på KI eller i Clinicums noder. Nätverket knyter samman  de grupperingar som redan idag utgör Clinicums kontaktytor/kontaktpersoner för metodstöd i noderna med ytterligare specialister som finns tillgängliga för support och vars deltagande koordineras centralt. En tydlig  princip för samverkan mellan Clinicum och befintliga corefaciliteter och supportfunktioner finns.

Figuren visar en modell för virtuellt nätverk av metodspecialister anknutna till Clinicum.
Figur 6: Modell för virtuellt nätverk av metodspecialister anknutna till Clinicum.

Övriga metodrelaterade aktiviteter

Utöver det metodstöd som Clinicum kan komma att erbjuda i form av konsultationer har projektgruppen tagit i beaktande att ca 3/4 av de forskare som besvarade enkäten för behovsinventering önskade stöd i form av antingen  ’Rekrytering till den egna forskargruppen’ (17%), ’Strategiska samarbeten’ (45%), eller ’Handledning och utbildning’ (26%). Flera aktiviteter som syftar till att uppfylla dessa behov har initierats under 2021 och kan betraktas som  pilotprojekt. Exempelvis har vi: 

  • Erbjudit stöd vid en planerad rekrytering av studie- och projektstatistiker till Karolinska Trial Alliance (KTA), Karolinska universitetssjukhuset. Arbetsbeskrivningar som kan ligga till grund för beslut om inrättande av tjänster och  utformning av annonser har utvecklats för detta syfte. Den här typen av tjänst, dvs rådgivning vid utformning av annonser kan även kompletteras med stöd för granskning av kandidaters CV samt deltagande vid intervjuer. 
  • Bidragit till CBBs seminarieverksamhet, och planerat en kick-off riktad mot forskare som syftar till att synliggöra aktiviteter i Clinicumnätverket och främja nätverkande. En seminarieserie med fokus mot biostatistik planeras att  lanseras på Campus Solna under våren 2022 med start i mars. 
  • Bidragit till aktiviteter som syftar till att etablera nätverk för forskningsspecialister och forskare med en bakgrund i biostatistik, bioinformatik, AI och liknande på KI och i regionen. En större nätverksträff är även planerad  gemensamt med MEB till våren 2022.

Projektgruppen har under året även identifierat ett antal punkter som är viktiga att arbeta vidare med för att stärka KIs profil inom Life Science och datadriven forskning. Det finns exempelvis ett landskap av relevanta initiativ  kopplade till metod och datadriven forskning på KI som idag inte har en naturlig mötesplats vilket medför att viktiga gemensamma frågor inte drivs på ett effektivt sätt. Som tidigare nämnt saknas det även forum för  multidisciplinärt kompetensutbyte i frågor som rör till exempel forskningsmetodik och ett övergripande sammanhang för personer som jobbar på KI med bakgrund inom datadrivna vetenskaper (till exempel biostatistik,  bioinformatik och AI). 

Med bakgrund i detta sammanställde vi en kortare promemoria som föreslår bildandet av ett paraplyinitiativ för datadriven forskning med det övergripande syftet att utveckla KI:s position inom området i Sverige. Bland annat  inkluderar förslaget att ett forum bildas som samlar representanter för olika initiativ och grupperingar och som kan utgöra en ingång för KI:s ledning för råd och stöd i strategiska frågor som rör datadriven forskning. Vidare  föreslogs bildandet av ett nytt nätverk som samlar forskare och övriga medarbetare med intresse för datadriven forskning med mål att bygga ett community. Vi menar att ett sådant initiativ passar väl in i KI Strategi 2030 och har  ett tydligt syfte som direkt och indirekt även kommer leda till höjd kvalitet i forskning i metodologisk framkant. En första workshop för detta initiativ där representanter för Clinicum, Task Force Precisionsmedicin, Genomiskt  medicincentrum Karolinska, CAIR-lab, AI@KI, CBioNet, DDLS och CBB deltog genomfördes i januari 2022. 

Nästa steg - projektgruppens arbete under våren 2022

Målet för 2021 var att inventera forskarbehov och kartlägga befintliga metodstödresurser. Dessa aktiviteter var avsedda för att utforma den principiella modell för framtida metodstöd som redovisats i denna rapport. Grundtanken  går ut på att komplettera det befintliga stödet med ett virtuellt specialistnätverk som kan tillhandahålla subventionerad rådgivning för projekt i tidig fas, och informera om och samverka med övriga metodstödsverksamheter  presenterades för styrgruppen i november 2021. Ett beslut att arbeta vidare med en sådan modell, t.ex. detaljera dess omfattning, budget och framtida organisation togs i samband med detta möte. Dessa frågor kommer därför  att vara högst prioriterade under den kommande våren vad det gäller projektgruppens uppdrag kring metodstöd. 

I tillägg fortsätter inventeringen av befintligt metodstöd och metodrelaterade aktiviteter på KI och i Clinicums noder. Ett flertal aktiviteter är inbokade, exempelvis planeras:

  • En presentation av Clinciumprojektet och uppdraget kring metodstöd för SLSOs statistikernätverk. 
  • Presentationer av behovsinventeringen, metodstöd och internationella initiativ på MEBs Faculty Event samt Task Force precisionsmedicin. 
  • Uppföljande diskussioner angående forskarbehov i frågor som rör datahantering och analys i relation till de planer som finns att utveckla en Trusted Research Environment (TRE) på Karolinska universitetssjukhuset. 
  • En opinionsbildande artikel i Läkartidningen, om hur samarbete mellan kliniska forskare och statistiker kan stärkas i Sverige, bland annat med utgångspunkt i den kartläggning av internationella modeller som gjorts i  Clinicumprojektet. Artikeln är planerad att skrivas gemensamt med statistiker från Uppsala, Umeå och Göteborgs universitet samt Föreningen för Medicinsk Statistik. 
  • En ny seminarieserie i Solna riktad mot kliniska forskare och med fokus på statistisk metod. Avsikten är att koordinera denna seminarieserie med de seminarier som redan idag erbjuds av CBB på Campus Flemingsberg.  

Flera ytterligare aktiviteter kommer sannolikt att tillkomma. Vi planerar även att fortsätta diskussionerna med de institutioner på KI som idag har stora grupper av biostatistiker och bioinformatiker anställda och vilka har visat ett  intresse att delta i metodstödsaktiviteter via en framtida Clinicumdiskussion. En viktig fråga blir att klarlägga förutsättningarna och ersättningsmodeller för ett sådant samarbete. Vi kommer under våren även att gå djupare in i  diskussioner om hur behovet av stöd för AI-projekt, data management/wrangling kan tillgodoses. En slutrapport som sammanfattar dessa frågor, samt ett förslag för etablerandet av organisationen Clinicum är planerad till 2022.

Apendix A: Sammanfattning av satsningar på metodstöd utomlands och i Sverige

Inventerade satsningar på metodstöd för klinisk forskning

Mayo Clinic's Research core facility, USA: 

  • Målgrupp: All personal som bedriver forskning vid Mayo, samt vissa större externa projekt.
  • Tjänster: Vägledning och support, studieplanering, metod- och analyssupport, förgranskning av ansökningar, abstrakt och manuskript.
  • Verksamma: Ca 300 specialister (varav 80 biostatistiker, 120 statistiska programmerare, 40 bioinormatiker) inom coreverksamheterna för biostatistik och bioinformatik (ytterligare corefunktioner för metodstöd inom informatik och  data science finns).
  • Omfattning: Supporterar ca 2000 interna samt nationellt finansierade studier och forskningsprogram.
  • Subvention: Initiala konsultationer sker utan kostnad för forskare. Fortsatta konsultationer förväntas täckas med forskarnas anslag. 
  • Etablerad kontakt: James Cerhan, Matt Maurer, supervision and performance review team.
  • Mer infohttps://www.mayo.edu/research/corefacilities/research-services/dataanal…

Harvard Biostatistics Consulting Program, USA: 

  • Målgrupp: Kliniska och translationella forskare vid Harvard (postdoc nivå eller högre).
  • Tjänster: Vägledning och support, studieplanering, metodsupport, förgranskning av ansökningar, abstrakt och manuskript.
  • Verksamma: Ca 20 seniora biostatistiker som arbetar ca 10-15% av heltid inom detta program. Övrig tid är de verksamma med egen forskning och/eller olika utbildningstjänster.
  • Omfattning: Supporterar ca 900 projekt årligen (konsultationstiden är i genomsnitt 1-3 timmar). 
  • Subvention: Tjänsten är kostnadsfri (stöd från NIH). Programmet erbjuder inte dataaanalys, endast rådgivning. Möjlighet till utökad support finns via Harvards bredare utbud av avgiftsbelagda corefaciliter. 
  • Etablerad kontakt: Garrett Fitzmauritz, programdirektör. 
  • Mer infohttps://catalyst.harvard.edu/biostatistics/

Statistical Advisory Services, Köpenhamn, Danmark:

  • Målgrupp: Kliniska forskare vid Rigshospitalet samt doktorander.
  • Tjänster: Vägledning och support, studieplanering, stöd för abstrakt, manuskript och reviewkommentarer. Statistiska analyser supporteras i mån av tid mot ersättning för statistikerlöner.
  • Verksamma: Seniora statistiker motsvarande 2 FTE (central finansierade) som supporterar ett antal juniora statistiker som rekrytereats under eller direkt efter avslutad masterutbildning i statistik. Dessa jobbar mellan 1 mån- 1.5 år mot lön som finansieras av projektmedel hos de som söker supporten. 
  • Subvention: Fria konsultationer för doktorander: telefonmottagning 1h/dag, 20 min bokningsbara konsultationer samt veckovisa "statistics cafe"). Kostnadfria konsultationer erbjuds även för seniora forskare vid Rigshospitalet.  Antalet fria resp avgiftbelagda timmar bestäms från projekt till projekt. 
  • Etablerad kontakt: Esben Budtz-Jørgensen, programdirektör.
  • Mer infohttps://publichealth.ku.dk/about-thedepartment/biostat/

Akademistatistik, Sahlgrenska akademin:

  • Målgrupp: Statistiker, epidemiologer, data scientists kliniskt verksamma forskare vid universitetet i Michigan.
  • Tjänster: Rådgivning och stöd för experimentell design, power-beräkningar, statistiska analysplaner, statistisk analys, modellering av data, granskning av statistisk analys och presentation av resultat i artikelutkast,  medförfattande av artiklar mm. 
  • Verksamma: Sju statistiker samt en konsultchef som delfinansieras via en subvention motsvarande 1.5 FTE. Ytterligare finansiering tillkommer via avgiftsbelagda konsulttjänster. 
  • Omfattning: Vid programmets start under 2008 sattes som mål att erbjuda 175 konsultationer årligen (där 1 konsultation räknas som 5x70 min). I dagsläget har man närmat sig detta mål. 
  • Subvention: Upp till fem 70-minuters konsultationer per forskningsprojekt erbjuds utan kostnad för forskare tack vare finansiering med hjälp av ALF-medel. Tilläggstjänster utöver dessa möten, exempelvis statistisk analys,  erbjuds mot ersättning (600kr/h). 
  • Etablerad kontakt: Max Petzold (ansvarig) och Catrin Wessman (chefsstatistiker). 
  • Mer infohttps://www.gu.se/medicin/omoss/avdelningen-for-samhallsmedicin-ochfolk…

Appendix B: Befintliga stödfunktioner på KI och i Regionen

I detta avsnitt följer en sammanställning av den inventering som gjorts avseende befintliga stödfunktioner (Figur 9). En viktig målsättning för Clinicums projektgrupp under våren 2022 kommer att bli att synliggöra dessa tjänster  för kliniska forskare. Exempelvis arrangeras den 16 februari en kick-off för Clinicum där representanter från flera av dessa aktörer medverkar.

Figuren visar befintliga resurser och nätverk med fokus på metod i Clinicums nätverk.
Figur 8: Befintliga resurser och nätverk med fokus på metod i Clinicums nätverk.

Biostatistics Core

Karolinska Institutet har sedan 2012 en corefacilitet för biostatistik som leds av Matteo Bottai (professor i biostatistik) och som organisatoriskt ligger under Avdelningen för Biostatistik, Institutionen för miljömedicin (IMM). I denna  corefacilitet arbetar omkring 10 statistiker med rådgivning, databearbetning och analysstöd. Förfrågningar om stöd kommer både från forskare på KI samt kliniskt verksamma forskare i regionens vårdgivarorganisationer. Gruppen hade uppdrag motsvarande 140 kontrakt under 2021 (där varje kontrakt typiskt omfattar flera olika studier som bedrivs av samma forskare vilket gör det svårt att ange en total för antalet projekt  som supporteras). Prioritet ges till förfrågningar där medel finns för att bekosta statistikernas tid i projektet samt projekt med god framförhållning. Både kortare (1100kr/h) och längre uppdrag (ex 20% FTE under X månader)  erbjuds. Tjänsten är subventionerad på så sätt att konsultationstjänster är undantagna KIs overheadkostnader. Forskare kan exempelvis vända sig till Biostatistics Core för att få hjälp att: 

  • Planera, utföra, analyser och resultattolkning från kliniska studier, epidemiologiska studier (kliniska och population-baserade registerstudier) och experimentell forskning.
  • Rådgivning kring statistisk metod och powerberäkningar i samband med ansökningar om forskningsanslag.
  • Planera och strukturera databaser/länkningar, utföra kvalitetskontroller av datamängder, datainsamling och datarensning.
  • Skräddarsydda undervisningstjänster.

I dagsläget finns kapacitet för nya projekt, under 2021 rekryterades även 2 nya statistiker  till gruppen för att möta ett ökat behov. Verksamheten har möjlighet att skala upp analyskompetens på basis av behov. Dock förutsätts en sådan tillväxt kan matchas med ytterligare administrativt stöd (samt central finansiering av detta). I dagsläget finns inte möjlighet att supportera projekt som är kopplade till maskininlärning/AI.

Medical Statistics Unit, MedStat

MedStat bedriver konsultation inom biostatistik under ledning av Tanja Tompson med hemvist på Institutionen för lärande, information, management och etik (LIME) på KI. Gruppen, som består av 4 heltidsanställda statistiker  erbjuder rådgivning och analysstöd för alla faser i ett forskningsprojekt (design, studieplanering, datamanagement, analys, tolknings och resultatsammanställningar, samt stöd i publikationsprocessen exempelvis med  referentkommentarer). I genomsnitt hanteras ca 50 projekt per statistiker och år vilket motsvarar full beläggning i dagsläget. Idag köps flest tjänster av forskare med anställning på KI. Förhållandevis få forskare utanför KI kontaktar MedStat för support men servicen är tillgänglig för vem som helst, oavsett organisationstillhörighet. Kortare uppdrag ersätts mot en kostnad per timme (1100 kr, inklusive OH-kostnader). Möjlighet att etablera långsiktiga samarbeten med andra ersättningsmodeller finns också. MedStat har ingen central subventionering. Gruppen kan i dagsläget inte supportera projekt som är kopplade till maskininlärning/AI.

Centrum för Bioinformatik och Biostatistik, CBB

Centrum for Bioinformatik and Biostatistik (CBB) startade sin verksamhet under hösten 2021 och bedrivs i form av en virtuell organisation som både erbjuder forskarstöd och utgör ett nätverk för forskare vid Campus Flemingsberg. Verksamheten är finansierad via Centrum för innovativ medicin (CIMED) och KI och leds av Carsten Daub (docent i bioinformatik) tillsammans med Hannes Hagström (docent i hepatologi). CBB har som mål att  utveckla en forskningsmiljö och ett forum som uppmuntrar till vetenskaplig och metodologisk diskussion. Till de återkommande aktiviteterna hör veckovisa Open workspace, dvs möjligheten att ta med sin dator och arbeta  tillsammans, träffa andra forskare eller diskutera sin forskning samt att få rådgivning inom biostatistik och bioinformatik. Dessutom ordnar CBB seminarier i statistik och bioinformatik som riktar sig till kliniker ca 1 gång varje  månad. Seminarierna kan bevistats på plats eller via zoom och har under den första terminen haft mellan 50-100 deltagare. En tredje aktivitet som CBB tillhandahåller är ett mentorskapsprogram för doktorander och postdocs.  CBB erbjuder beräkningsresurser för storskalig dataanalys. CBB erbjuder inte direkt analysstöd vare sig inom bioinformatik eller biostatistik. Fokus är istället på rådgivning. Idag är 5 personer deltidsanställda via CBB, 2 statistiker och 3 bioinformatiker. Förutom att bedriva ovannämnda aktiviteter kan CBB hjälpa forskare att planera för, beskriva behov av metodexpertis i anslagsansökningar för och ge råd vid rekrytering. CBB är också utsett att vara  Clinicums kontaktyta för nod Huddinge/Flemingsberg. 

Södersjukhuset - Forskningscentrum

SöS forskningscentrum tillhandahåller fria konsultationer på behovsbasis riktad mot doktorander och aktiva forskare på Södersjukhuset. För biostatistiskt stöd finns motsvarande 1.5 heltidstjänster vilka samfinansieras med  Södersjukhusets FoU-medel och KI SöS. De två statistiker som idag ingår i forskningscentrums verksamheter arbetar såväl med rådgivning och analys som med undervisning. Dessutom har man valt att prioritera att samtliga  doktorander som registreras på institutionen ska få sin individuella studieplan granskad och godkänd av SöS statistiker. Antalet uppdrag varierar och man önska möjlighet att på sikt kunna kapa arbetstoppar med stöd från  Clinicum som ett alternativ till att skjuta upp jobb på framtiden. Under 2021 anställde Forskningscentrum även en datamanager som finns tillgänglig att stötta forskare vid behov. I dagsläget finns inte möjlighet att supportera  projekt som är kopplade till maskininlärning/AI. Dock finns ett stort intresse hos statistikerna att fortbilda sig framförallt inom metoder som används inom maskininlärning och att delta i biostatistiska aktiviteter inom Clinicums  nätverk. Ett projekt som går ut på att bilda ett kliniskt epidemiologiskt centrum (EPI-SÖS) som ska stärka det stöd som idag erbjuds via Forskningscentrum är pågående. EPI-SÖS förväntas att bli Clinicums primära kontaktyta på SöS med biostatistiker Mikael Andersson Franko som kontaktperson.

Danderyd: Kliniskt forskningscentrum norr, klinisk epidemiologi och CAIRlab

Kliniskt forskningscentrum norr ursprungligen en gemensam satsning från medicinkliniken och hjärtkliniken men som nu även omfattar flera verksamhetsområden. I tillägg till forskningssjuksköterskor och biomedicinska  analytiker finns arbetar här en biostatistiker som finansieras via basanslag och därmed kan stötta forskning vid Danderyd utan kostnad för den enskilda forskaren. De förfrågningar som rör statistik (ca 10 per vecka) handlar  både kortare rådgivning men även om analyssupport och stöd för programmering in SPSS och R. Det finns ett självskattat behov av 1-2 ytterligare konsulter inom biostatistik, samt ett nätverk som statistiker och epidemiologer  kan ingå i för att delta i aktiviteter som ökar interaktionen med andra statistiker. Planer finns att utveckla stöd både för kliniska prövningar, epidemiologi och biostatistik. I dagsläget finns även ett behov av att stärka kompetensen för olika typer av ”sällanuppdrag” t.ex mer avancerad biostatistik, bioinformatik och datamanagement. Det har även gjorts satsningar på att utveckla kompetens inom AI, och har som ett led i detta har ett  innovationslaboratorium (CAIR-lab) för praktisk användning av AI inom precisionsmedicin nyligen lanserats15. CAIR-labb drivs ax Max Gordon och Martin Magnéli, båda verksamma som ortopeder vid Danderyds sjukhus.  Under 2022 förväntas både CAIR-labb och det forskarnära stödet inom biostatistik att växa ytterligare och bli en viktig kontaktyta i Clinicumnätverket. För detta syfte har även medel skjutits till från KI-Region Stockholms  forskningsråd för perioden 2022-2024. 

15CAIR-lab presenterades nyligen i Läkartidningen som en del av en större satsning på AI på Danderyds sjukhus.

Stockholms läns sjukvårdsområde (SLSO):

Inom SLSO fins flera enheter som arbetar självständigt och med egen inriktning. Bland dessa ingår: 

  • Akademiskt primärvårdscentrum (SLSO, forskning och utveckling primärvården). 
  • Akademiskt specialistcentrum (SLSO, inkl. Studieenheten, kliniska studier på uppdrag av akademi, hälso- och sjukvård samt läkemedelsindustrin).
  • Centrum för arbets- och miljömedicin (CAMM, SLSO, epidemiologisk kartläggning och analys, utvärdering, fokus på hälsorisker i arbets- och omgivningsmiljön.)
  • Centrum för epidemiologi och samhällsmedicin (CES, SLSO, epidemiologisk kartläggning och analys, utvärdering, fokus på hälsoläge och vårdbehov i befolkningen.)
  • Centrum för hälsoekonomi, informatik och sjukvårdsforskning (CHIS, SLSO, Nationellt centrum för suicidforskning och prevention av psykisk ohälsa (NASP) och Hälsoekonomi).
  • Centrum för psykiatriforskning (CPF, KI/SLSO, epidemiologisk, klinisk och experimentell forskning, utveckling och utbildning för psykiatrin.
  • FOU nu (SLSO/kommuner, forskning och utveckling äldrevården). 

Forskarstöd för design av studier finns inom varje USV enhet och sammantaget arbetar uppskattningsvis 30 statistiker och datamanagers inom dessa enheter. Centrum för Epidemiologi och samhällsmedicin är utsedd att vara Clinicums primära kontaktyta för SLSO-noden. Inom SLSOs enheter finns idag ingen corefacilitet eller grupp statistiker/datamanagers som kliniska forskare utanför de egna verksamheterna kan vända sig till för support.  Vetenskapliga samarbeten som uppstått ad hoc är dock förekommande. Ett informellt nätverk för statistikerna finns som har främjats via en seminarieserie med fokus på metodfrågor. Internt finns en bred erfarenhet av  datamanagement och datauttag från hälsoregister för registerforskning. Centrum för psykiatriforskning har även samlat och tillgängliggjort mycket strukturerad information för forskare som är relevant för alla forskande kliniker.  Framgent finns ett behov att kompetens för att utveckla processer som möjliggör utdrag från ostrukturerade vårddata/journaldata (exempelvis Take Care).

Karolinska Trial Alliance

Karolinska Trial Alliance (KTA) är en del av den regionala noden för Stockholm-Gotland  i ”Kliniska studier Sverige”. I denna verksamhet ingår olika tjänster som kan köpas för de hantera de olika regulatoriska kraven för  kliniska studier . Då det i dagsläget inte finns någon statistiker anställd i dessa verksamheter köps tjänster in vid behov av en intern statistikkonsult eller Biostat Core. Historiskt har man även anlitat externa statistikkonsulter med specialistkompetens inom kliniska studier inkl prövningar. Detta är en typ av statistisk kompetens som det råder generell brist av på KI internt och Region Stockholm. KTA planerar därför att rekrytera  såväl studiestatistiker, projektstatistiker som datamanagers för att täcka det egna behovet av stöd framöver. Clinicums projektgrupp har under året påbörjat diskussioner med Elham Hedayati (koordinator för kliniska studier vid  Karolinska sjukhuset) för att bistå vid en sådan rekrytering. Önskemål finns att statistiker och programmerare som på sikt anställs vid KTA får bli en del av Clinicums bredare nätverk av statistiker och metodexperter.

Centrum for läkemedelsepidemiologi:

Centrum för läkemedelsepidemiologi (CPE) bedriver akademisk forskning kring läkemedelssäkerhet, läkemedelseffekter och läkemedelsanvändning samt utför projekt på uppdrag av myndigheter och näringsliv inom området  läkemedelsepidemiologi. CPE har genom åren utvecklat specifika läkemedelsepidemiologiska expertkunskaper inom följande områden; reproduktion, psykiatriska och neurologiska sjukdomar samt kroniska och  inflammatoriska sjukdomar. 

Det ingår inte i gruppens verksamhet att erbjuda konsultverksamhet som är riktad mot enskilda kliniska forskare. Dock finns ett stort intresse att knyta till sig medical advisors inom ett antal områden vilket öppnar upp möjligheten för forskningssamarbeten med de statistiker och epidemiologer som arbetar här.

Externa konsultverksamheter:

Det finns flera företag i Stockholms- och Uppsalaregionen som arbetar med renodlad statistik konsultation och med inriktning mot medicinsk och epidemiologisk forskning. Bland de aktörer som i dagsläget tillhandahåller tjänster till forskare på KI och på sjukhusen ingår exempelvis Statisticon, SDS Life Science, Bell Analytics och Uppsala Clinical Research Center (UCR). Utöver att resurssätta olika forskningsprojekt så anlitas dessa ibland  företag även för olika undervisningsuppdrag. Det saknas dock ett upphandlat ramavtal för statistiska konsultationstjänster hos de största uppdragsgivarna (KI samt Karolinska universitetssjukhuset) vilket har gjort det svårare  att kontraktera dessa företag för att kapa arbetstoppar, eller som ett alternativ till att anställa egna statistiker. En samordnad upphandling för Clinicums noder rekommenderas som en interimslösning för att möta det befintliga  behovet av statistisk support. 

National bioinformatics infrastucture Sweden, NBIS

NBIS är en nationell infrastruktur för bioinformatik som erbjuder såväl kurser, seminarier, konsultation och samarbete med forskare oavsett universitetstillhörighet. I Stockholm utgår NBIS verksamhet från SciLifeLab som är en  forskningsinfrastruktur för Life Science som bedrivs gemensamt med Uppsala Universitet, KTH, Karolinska institutet och Stockholms universitet. För forskare som behöver stöd inom bioinformatik erbjuder NBIS flera tjänster,  varav flera är kostnadsfria. Nedan listas de viktigaste för Clinicums målgrupp: 

  • Weekly drop-in sessions: Kostnadsfria kortare konsultationer ämnade att besvara eller ge råd vid specifika problem i enskilda projekt. Behöver inte förbokas, länk för att delta via zoom finns på hemsidan. 
  • Konsultationer - Upp till 3 gratis konsultationer inom bioinformatik, data management eller biostatistik per projekt. Bokas via hemsidan. 
  • Analysstöd: Beräkning och analysstöd på behovsbasis till en kostnad av 800 kr/h.
  • Skräddarsydda utbildningstillfällen för den egna forskargruppens behov (800 kr/h).
  • Mentorsprogram för doktorander: Möjlighet för doktorander att ansöka om regelbunden support från en senior bioinformatiker i upp till 2 år. Femton platser finns årligen. Ansökan om plats är öppen i december varje år.
  • Översiktskurser och workshops: Teman för dessa varierar. Under våren 2022 erbjuds kurser inom Neurala nätverk och djupinlärning, Single cell RNA-sekvenseringsanalyser, samt Data management.
  • Långtidssupport för större projekt som håller särskilt hög vetenskaplig kvalitet. Tre gånger om året (januari/maj/oktober) finns möjlighet att ansöka om 500 timmar kostnadsfri support för bioinformatiska projekt. Möjlighet till  förlängning motsvarande ytterligare 500 timmars support finns för de projekt som tidigare beviljats stöd. Satsningen är finansierad via Knut och Alice Wallenbergs stiftelser och ansökan sker via hemsidan. 

Nätverk

Strategiskt forskningsområde Biostatistik och Epidemiologi, SFOEpi

SFOEpi är en satsning som syftar till att stimulera epidemiologisk och biostatistisk forskning samt att utveckla ett nätverk för gemensamma aktiviteter bland forskare som arbetar inom dessa fält på KI. Ekonomiskt stöd från  SFOEpi har under flera år möjliggjort att olika kurser och workshops regelbundet har kunnat erbjudas KIs doktorander, postdocs och forskare utan kostnad för deltagande. Under våren 2022 planeras flera kurser inom biostatistik, t.ex Mixed Models using SAS (inbjuden föreläsare Helen Brown, Edinburgh University), Competing risks and multi-state models (inbjudna talare Hein Putter, Leiden University. Ronald Geskus, University of Oxford), samt en Methods week med ett flertal internationella inbjudna talare inkluderande Tim Morris (UCL), Karla Diaz-Ordaz och James Carpenter (båda från London School of Hygine and Tropical Medicine), Ken Rice (University ofWashington), Hongwei Zhao (Texas AM University) och Andrea Rotnitzky (Harvard School of public health). Samtliga kurser och workshops är öppna för forskare med anknytning till KI. 

SFOEpi har även  under ett par års tid finansierat en seminarieserie i biostatistik  som har organiserats av Erin Gabriel på MEB och som har varit mycket uppskattad av statistiker runt om på KI samt i SLSO.

AI@KI

AI@KI är ett strategiskt projekt som initierades av KIs rektor under 2020 och som leds av Magnus Boman (professor i Intelligenta Programvarutjänster, KTH). Projektet syftar till att kartlägga forskning och aktiviteter relaterade  till AI på KI samt att öka kunskapen om AI inom medicin bland KIs forskare, till exempel genom att etablera ett nätverk som främjar vetenskaplig diskussion och nya interna och externa samarbeten. Som ett led i att uppfylla  detta mål startades under hösten 2020 Falafelseminarierna där forskare bjöds in att presentera och diskutera egna projekt med koppling till AI. Efter ett uppehåll under hösten 2021 planeras Falafelseminarierna att återupptas  under våren 2022 (med start i mars). AI@KI nätverket omfattar idag drygt 100 personer som befinner sig i olika delar av KIs organisation eller externt i regionen. 

Under det första halvåret av Clinicumprojektet har även flera  viktiga synergieffekter mellan AI@KI och Clinicums uppdrag kring metodstöd identifierats vilket uppmuntrar till fortsatt samarbete kring AI-frågor och support under 2022.

Cancer Bioinformatics Network, CBioNet

CBioNet är ett nystartat nätverk initierat av Nick Tobin (docent i bioinformatik) med hemvist på Institutionen för onkologi och patologi i Solna. Syftet med nätverket är att möjliggöra erfarenhetsutbyte och identifiera  samarbetsmöjligheter bland de bioinformatiker som finns utspridda såväl i Solna som i Huddinge. Nätverket arrangerar bland annat seminarier och tillhandahåller en Outlookgrupp. Idag ingår ca 50 personer med ett intresse  för bioinformatik i CBioNet. Med nätverkets bakgrund och erfarenhet av tillämpningar inom cancer så kompletterar även CBioNet den grupp bioinformatiker som exempelvis arbetar inom NBIS-nätverket. Goda förutsättningar finns att etablera ett samarbete mellan Clinicum och CBioNet.

Appendix C: Kontakter under 2021

Ett stort tack till alla de som hittills har bidragit till utvecklingen av denna rapport genom att dela med sig av sin tid, kunskap, och erfarenhet. Vi har ännu bara skrapat på ytan i  detta arbete. Många diskussioner återstår och fler personer kommer att adderas till detta nätverk under 2022.

Biostatistik

  • Matteo Bottai, KI, Biostat Core, Avdelningen för biostatistik, Institutionen för miljömedicin (IMM).
  • MedStat (hela gruppen), KI, Medstat (Enheten för Medicinsk Statistik), Institutionen för lärande, informatik, management och etik (LIME).
  • Daniel Olsson, KI, Institutionen för lärande, informatik, management och etik (LIME).
  • Fredrik Johansson, Danderyd sjukhus, Instituionen för kliniska vetenskaper.
  • Hans Petterson och Mikael Andersson-Franko, Södersjukhuset, Forskningscentrum.
  • Caroline Öberg och Marie Linder, KI, Centrum för läkemedelsepidemiologi (CPE), Institutionen för medicin Solna (MEDS).
  • Cecilia Lundholm, KI, MEB Applied Biostatistics, Institutionen för medicin epidemiologi och biostatistik (MEB).
  • Antonio Ponce de Leon SLSO, Centrum för epidemiologi och samhällsmedicin, Region Stockholm. 
  • Hannes Hagström, KI, Department of Biosciences and Nutrition, Centrum för Bioinformatik och biostatistik (CBB).
  • Nicola Orsini, KI, Institutionen för global folkhälsa (GPH).
  • Paul Dickman, KI, Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik (MEB).
  • Juni Palmgren, KI, Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik (MEB). 
  • Johanna Vernersson, KS, Cancerstudieenheten, Region Stockholm.
  • Viktoria Björk och Elham Hedayati, KS, Avdelningen för Forsknings- och Utvecklingsstöd, Region Stockholm.

Bioinformatik:

  • Carsten Daub, KI, Department of Biosciences and Nutrition, Centrum för Bioinformatik och biostatistik (CBB).
  • Nick Tobin, KI, Institutionen för onkologi och patologi (OnkPat).
  • Amrei Binzer-Panchal och Aron Skaftason, KI, Institutionen för molekylär medicin och kirurgi (MMK). 
  • Narsis Kiani, KI, Institutionen för onkologi och patologi (OnkPat).
  • Sandra Falck, SciLife Lab, Externa relationer och samverkan.

AI:

  • Magnus Boman, KTH samt affilierad till KI, Institutionen för lärande, informatik, management och etik (LIME).
  • Max Gordon, Danderyd sjukhus, Instituionen för kliniska vetenskaper, Clinical AI Research lab (CAIR-lab).

Företrädare för metodstödsverksamheter vid andra lärosäten:

  • Garrett Fitzmauritz, Harvard Biostatistics Program, Harvard Catalyst.
  • James Cerhan och Matt Maurer, Mayo Clinic, Mayo Clinic Research Core.
  • Esben Budtz-Jørgensen, Köpenhamns universitet, Statistics Advisory Services, Dept of Public health. 
  • Shokoufeh Khalatbari och Dianne Jazdzyk, ABS-network Michigan Institute for Clinical and Health Research, University of Michigan Medical  School. 
  • Max Petzold och Catrin Wessman, Akademistatstik, Sahlgrenska Akademin, Göteborgs universitet.

IT, infrastruktur, informatik, programmering:

  • Mikael Wettercratz, KI, Universitetsförvaltningen (UF). 
  • Patrik Georgii-Hemming, KS, Region Stockholm. 
  • Elisabet Rönngren Civalero, KS, Precisionsmedicinskt Centrum Karolinska (PMCK), Region Stockholm.